mega

软件介绍

MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）是一套用于分析 DNA 和蛋白质序列数据的软件，官网称其面向物种和种群的序列数据。它主要用来比较同源基因序列，推断进化关系和 DNA、蛋白质的进化模式，并以交互式进化树和进化距离矩阵展示结果。第一个版本发布于 1994 年，此后多次升级，近年的 MEGA11 论文发表在 Molecular Biology and Evolution 上，作者为 Tamura、Stecher 和 Kumar。

核心功能

• 序列比对：内置比对编辑器，集成 ClustalW 和 MUSCLE，可从 NCBI/GenBank 获取序列。
• 距离与替代模型：提供核苷酸、同义/非同义替换和氨基酸的距离模型，并可查找最佳拟合替代模型。
• 建树方法：邻接法、最小进化法、UPGMA、最大简约法和最大似然法，并支持 bootstrap 检验。
• 选择与分子钟检验：包含 Z 检验、Fisher 精确检验、Tajima 中性检验，以及分子钟的最大似然检验。
• 进化树浏览：支持多种树形显示样式，并可导出为多种图片格式。

支持平台与系统要求

官网提供 Windows、macOS、Ubuntu/Debian、RedHat 及其他 Linux 的下载，有图形界面版和命令行版（MEGA-CC）。官网版本历史说明，MEGA7 及之后的版本只编译为 64 位程序，32 位系统请使用 MEGA6 或更早版本。官网未给出其他详细的硬件要求。

版本与授权

官网首页当前宣布的是 MEGA 12.1。MEGA 7.0.14 发布于 2016 年 1 月。维基百科将其许可描述为 proprietary freeware，即免费使用的专有软件；具体条款以官网链接的最终用户协议为准。

适用人群与使用场景

适合生物信息学、分子生物学和进化生物学方向的学生与研究人员，用于从 FASTA 等序列数据出发做比对、计算进化距离并绘制进化树。