Cytoscape

软件介绍

Cytoscape 是一个开源软件平台，用来可视化复杂网络，并把网络与属性数据整合在一起。它最初面向生物信息学，官网说明其 App 也涵盖社交网络分析、语义网等领域。项目由 Cytoscape Consortium 运营，这是一个 501(c)(3) 非营利组织，成员机构包括 UCSF、UCSD、多伦多大学等。

核心功能

• 数据导入：可以载入多种标准格式的分子和遗传相互作用数据集。
• 数据整合：可整合全局数据集与功能注释，并把数据映射为可视化样式。
• 网络分析：可计算网络统计量和最短路径；通过 NetworkAnalyzer、clusterMaker 等 App 做进一步分析和聚类。
• 通路可视化：可展示 WikiPathways、Reactome、KEGG 等来源的通路数据。
• 脚本自动化：支持用脚本语言自动完成分析流程。
• App 扩展：App 以 Java 开发，运行在 OSGi 框架上。

支持平台与系统要求

官方下载页称 Cytoscape 是“平台无关的开源 Java 应用”，具体的操作系统和 Java 版本要求，本次查到的页面没有列出，请以官方下载页和发行说明为准。官网同时提供浏览器版 Cytoscape Web。

版本与授权

官方下载页写明软件以 LGPL 2.1 许可发布。GitHub 发布页显示最新版本为 3.10.5。

适用人群或使用场景

适合生物信息学、系统生物学研究者查看和分析分子相互作用网络，也适合需要对一般复杂网络做可视化和统计分析的用户。